今次の大戦における尊い戦争犠牲を銘記し、かつ、永遠の平和を祈念するため、 いわゆる恩給欠格者、戦後強制抑留者、引揚者等の関係者の労苦について国民の理解を深めること等により関係者に対し慰藉の念を示す事業を行うことを目的として、「平和祈念事業特別基金に関する法律」に基づき内閣総理大臣の認可を受けて昭和63年7月1日に設立されましたが、政府の行政改革の一環として法律改正が行われ、平成15年10月1日、新たに独立行政法人として発足しました。この間、慰藉事業として慰労品の贈呈事業及び啓発広報活動を実施してまいりました。
更に、平成22年6月16日に「戦後強制抑留者に係る問題に関する特別措置法(法律第45号)が交付・施行され、同法律に基づきまして、本邦に帰還した戦後強
制抑留者でこの法律の施行日(平成22年6月16日)において日本国籍を有するご存命の方に特別給付金を支給する事務を行うこととなりました。
なお、この特別措置法の施行に伴い、この特別給付金の支給業務以外の業務については、これを行わないこととなりました。また、本基金は平成25年4月1日までの政令で定める日に解散することとなりました。

